Великая Отечественная война оставила горький след и в истории древней Нёноксы. 240 жителей села ушли на фронт, 113 из них погибли на местах сражений.
В годы войны в селе было организовано несколько производств: завод по производству шпал из выброшенного на берег леса, швейная и сапожная мастерские, кожевенный завод, молочная ферма и мыловарня.
В 1941 году в условиях дефицита соли, руководители колхоза в Нёноксе приняли решение восстановить солеваренный промысел. До этого добыча соли в Нёноксе не осуществлялась более тридцати лет. В кратчайшие сроки были восстановлены три солеварни. Црен для выварки соли был изготовлен в г. Молотовске (Северодвинске), на заводе № 402. Готовую соль сначала складировали в здании церкви на Святой горе, а затем баржами отправляли в Архангельск. В месяц добывали около 230 пудов соли. Возобновленный солеваренный промысел существовал до 1953 года. Фрагменты строений этой солеварни до сих пор сохранились на берегу реки.
В память о трагических событиях, в связи с празднованием 30-летней годовщины Победы в Великой Отечественной войне 1941–1945 гг., в 1975 году по инициативе местных ветеранов в самом центре села была установлена стела в память о погибших ненокшанах. А к 40-летию Победы мемориал дополнен памятником с фотографиями и именами погибших на фронтах. Тогда же, в 1985 году, одна из центральных улиц села получила название «улица 40-летия Победы».
В 1990-е годы на кладбище была установлена мемориальная доска ветеранам-ненокшанам, в 2000-е годы – памятная доска воинам-интернационалистам, в 2015 году – мемориальная доска в честь ненокшан – участников оборонных работ.
Каждый год 9 мая жители села собираются, чтобы почтить память павших на фронтах Великой Отечественной войны. С 2015 года Нёнокса присоединилась к проведению Всероссийской акции «Бессмертный полк». Жители села выходят на торжественное шествие с портретами своих родственников – фронтовиков и тружеников тыла. Некоторые несут таблички с именами погибших ненокшан – тех, чьи имена были почти забыты. Бессмертный полк проходит от клуба до мемориала и храмового комплекса. Шествие сопровождает колокольный звон. Затем в храме проводится лития по усопшим воинам.